敦煌石室遗书是一个谜，至今不知道具体是什么时候，由什么人把它们藏在哪儿。旧时由于洞口封闭，故数百年来不为人知。光绪二十六年(１９００年)，湖北麻城道士王圆箓云游到此，他想把这里的佛教窟寺变为道教的道场。四月的一天(公历５月２６日)上午，在清除第１６窟通道的积沙时，一处绘有佛像壁画的崖壁出现了裂缝，敲打起来发出回声。王道士顺裂缝挖下去，发现了另一个洞窟———第１７窟，里面竟然堆满了经卷、文书、织绣、画像等物品。王道士挑选了几个卷子呈送给县衙门，县长汪栗庵又将其中一部分转赠给当时的甘肃学政、著名金石学家及藏书家叶昌炽。叶昌炽判明这些卷子是唐代以前的物品，建议运往省城保管，但藩台衙门不愿意出运费，只是命令王道士将藏经洞重新封闭起来，故中国学界未能得知这一重大发现，而洞中经卷已开始在西北地区零星流布。此后几年间，相继到我国古西域一带探险考古的俄国人奥勃鲁切夫、英籍匈牙利人斯坦因、 法国人伯希和等先后用少量的钱物从无知而又贪图小利的王道士手中骗换走了大量精心挑选的经卷写本，盗运至俄、英、法等国。

    宣统元年(１９０９年)，袁嘉谷任京城图书编译局局长。是年秋，法国人伯希和在回国前将已运至河内的敦煌遗书中的一部分带到北京修裱，并在六国饭店举办展览，向中国学界炫耀他的收获。袁嘉谷闻知，与部员罗振玉、王国维、王仁俊等前去探看，见其中有《沙洲志》和老子的《化胡经》等，其书写、卷装纯为古制。袁嘉谷与诸同事商议，认为“真稀世之宝也”!他立即向学部侍郎严范孙报告了此事，并提出了处理意见，由学部急电甘肃敦煌总督：“凡洞中片缣只字均检送来京，不得再失。”此时，又有大批敦煌文物被盗运至陕西等待出售，并且已有某国商人持数千金前去购买，听到风声紧，只好溜走了。数千卷古籍得以及时追回，由学部收管，现存北京国家图书馆。此事在任继愈主编的《中国藏书楼·中国藏书大事年表》中有相关记载：“宣统元年，清学部发出‘行陕甘总督请饬查检齐千佛洞(按：即敦煌莫高窟)书籍解部并造像古碑勿令外人购买电’，并将劫余的８６７９卷运至北京，庋藏学部图书馆。”袁嘉谷此举为国家挽回了不可估量的损失。此后不久，他就离开了京城，到浙江、云南等地任职，未能进一步接触敦煌遗书；而当日同去的罗振玉、王国维、王仁俊等，后来则成了著名的敦煌学专家。

    这批将近九千件的遗书后来成为国家图书馆敦煌馆藏的主体，是研究中古时期中国、中亚和东亚等地区的历史、考古、宗教、社会、语言、文学、艺术的重要资料，具有极高的文物价值和文献价值。经过近百年的陆续搜集和调拨，国家图书馆珍藏的敦煌遗书已增加至１６０００余件，与《赵城金藏》、《永乐大典》、《四库全书》一起并称为四大镇馆之宝。